Neben dem eigentlichen Kloster zählen auch Amts- und Wirtschaftshöfe zu Klöstern und Stiften. Im 14. Jahrhundert besaß das Stift Melk mehrere Grundstücke in Wien, 1439 wurde ein Melkerhof vor dem Werderthor in einer Urkunde erwähnt. Seit dem 17. Jahrhundert hatte das Kloster das Schankrecht, die Erlaubnis Wein einzulagern und auszuschenken.
Klosterhöfe erfüllten aber auch eine repräsentative Funktion. Die Melker Äbte waren in der Prälatenkurie der Landstände unter der Enns vertreten, sowie als Priester und Berater dem Kaiserhaus nahe. Besonders im 17. und 18. Jahrhundert, als die Melker Äbte Vorsitzende des Prälatenstandes waren, weilten sie oft im Wiener Melkerhof. In den Jahren 1769 bis 1775, während der Regentschaft von Abt Urban II. Hauer, wurde der Melkerhof in der Schottengasse durch den Architekten Josef Ignaz Gerl um- und neugebaut.
Abt Urban II., der große Förderer Johann Wenzel Bergls, beauftragte ihn mit der malerischen Ausstattung der Melkerhofkapelle und der Sala Terrena im Wiener Melkerhof, die in den Jahren 1772/73 erfolgte. Dargestellt sind die Dreifaltigkeit umgeben von den Patronen des Klosters, Petrus und Paulus, Koloman und Benedikt sowie Moses und Aaron. Auf der Orgelempore musiziert ein himmlischer Engelschor.
Der Wiener Melkerhof befindet sich in Privatbesitz und kann nicht öffentlich besichtigt werden.